Onkiveden länsipuolella on Martikkalan ja Väisälänmäen kylät. Kunnan pohjoisosassa on Nerkoon kylä, johon voidaan katsoa kuuluvaksi myös Nerkonniemi, Taipale ja Aisomäen-Keskimmäisen alueet. Nerkoon ja kirkonkylän itäpuolella on Heinäahon kylä, jonka vaikutuspiirissä ovat myös Horsmanmäen ja Vuorisen alueet. Tällä alueella toimii Pohjois-Ollikkalan kyläyhdistys.
Kunnan itäosassa on Varpaisjärven kirkonkylä. Puolivälin-Mäkikylän kylä sijaitsee Lapinlahden ja Varpaisjärven taajamien välissä, Jonsa Varpaisjärven taajaman koillispuolella. Korpijärven kylä rajoittuu Rautavaaran kuntaan. Syvärin järven pohjoisrannalla sijaitsevat Karsanlahti, Syvärinpää, Juminen, Paloinen ja Petäys. Syvärinjärven eteläpuolella aivan Tahkovuoren kupeessa on Urimolahti, jonka eteläpuolella on Siilinjärven kunta, Lukkarilan kylä rajoittuu Nilsiään. Varpaisjärven kirkonkylän länsipuolella Lapinlahden tien varrella on Sutelan kylä.
Kirkonkylän eteläpuolella 5-tien varrella lähinnä on Mäntylahden kylä, sen eteläpuolla Pajujärven kylä ja kunnan eteläosassa Alapitkän kylä. Alapitkän ja Onkiveden eteläosan välissä on Tölvän kylä sekä sen pohjoispuolella Karvasalmen kylä.
Lapinlahden kirkonkylä
Lapinlahden kirkonkylä sijaitsee Onkiveden itärannalla 5-tien ja rautatien (Savon rata) tuntumassa. Kirkonkylällä asuu noin 4.000 lapinlahtelaista. Aivan kirkonkylän keskustassa on Haminamäen puistoalue, jossa on hyvät ulkoilu- ja liikuntamahdollisuudet. Haminamäellä on kesäisin laaja pururataverkosto ja aivan vieressä Haminamäen urheilualue. Talvisin Haminamäellä on erittäin hyvätasoinen latuverkosto, joka tukeutuu Monitoimitalon alueen palveluihin. Haminamäelle on maisemoitu vanha soranottoalue Hassilan hiihtomaaksi, jossa lasten ja myös koko perheiden on hyvä harrastaa talviliikuntaa.
Kirkonkylän keskustassa oleva liikenneympyrä jakaa sisäistä liikennettä ja siinä oleva Stefan Linforsin taideteos "Aurinkotuuli" antaa näkyvyyttä Taidekadulle, jonka varrella on useita merkittäviä taideteoksia.
Pääkatujen - Linnansalmentien ja Asematien - varrella sijaitsaee mm. kaksi päivittäistavaraliikettä, kaksi pankkia, apteekki, Alko, R-kioski, kukkakauppoja, kirjakauppa, asiamiesposti, ravitsemisliikkeitä, tori, kirjasto, kunnanvirasto, kirkko, Kelan tilat, jne.
Kirkonkylä jakautuu useisiin asuntoalueisiin, joita keskustan lisäksi ovat mm. Peltoniemi, Väärni, Linnansalmi, Puustelli, Kunnanranta, Rommeikonmäki ja Ransunpelto.
Varpaisjärven taajama
Varpaisjärven entisen kunnan keskustaajamassa asuu noin 1000 asukasta. Kylällä on kaksi päivittäistavaraliikettä, kaksi pankkia, apteekki, kukkakauppa, asiamiesposti, ravintoloita, kahvio, tori, kirjasto, 1-9-luokkainen koulu, liikuntahalli, yhteispalvelupiste, terveysasema, vanhusten- ja vammaisten palvelukeskus, päiväkoti, kirkko, jne.
Varpaisjärven taajama tarjoaa myös erinomaiset liikuntamahdollisuudet; liikuntahalli, pururadat, hiihtoladut jne. Taajamassa on myös mm. kaunis harmaakivikirkko ja Ruuna-Reippaan patsas, kesäisin avoinna oleva kotiseutumuseo ja hevosajoneuvomuseo.