Lapinlahden kunnan alueella on kaksi jätevedenpuhdistamoa: Suoniemen puhdistamo Lapinlahdella ja Varpaisjärven puhdistamo Varpaisjärven taajaman alueella.
Suoniemen puhdistamo puhdistaa Lapinlahden kirkonkylän, Nerkoon, Alapitkän, sekä Lahdenperän viemäriosuuskunnan jätevedet. Alapitkän ja Nerkoon jätevedet johdetaan puhdistamolle siirtoviemäriä pitkin.
Varpaisjärven puhdistamo puhdistaa Varpaisjärven taajaman, sekä Nilsiäntien varresta ja Reittiön kylältä Kuopion kaupungin puolella tulevat jätevedet. Molemmilla puhdistamoilla on lisäksi sako/umpilietteen vastaanottoasemat. Puhdistamojen käyttö ja ylläpito on ulkoistettu Operon Finland Oy:lle.
Operon Group Oy
Suoniemen puhdistamo vastaa asukasvastineluvultaan 80 000 asukkaan puhdistamoa. Puhdistamon suureen kokoon on syynä maidonjalostusteollisuuden aiheuttama jätevesikuormitus.